A Gestão Superior da UEA é composta pelo Reitor (a), Vice-Reitor (a), Pró-Reitor (a) de Administração, Pró-Reitor (a) de Graduação, Pró-Reitor (a) de Pesquisa e Pós-Graduação, Pró-Reitor (a) de Planejamento e Pró-Reitor (a) de Extensão. Desde 2014, passou a contar também com o (a) Pró-Reitor (a) de Interiorização.

De quatro em quatro anos, por meio de eleição direta, acontece a escolha do (a) Reitor (a) e Vice-Reitor (a) pela comunidade acadêmica da Universidade. Podem participar da votação alunos, professores e servidores técnico-administrativos que trabalham em qualquer unidade da instituição em Manaus ou em um dos 61 municípios do interior do Amazonas.

A eleição direta para Reitor (a) e Vice-Reitor (a) na UEA foi realizada pela primeira vez em 20 de março de 2014. Antes disso, os Reitores que estiveram à frente da Gestão Superior da instituição foram pessoas indicadas pelo Governador do Amazonas.

Os outros membros da Gestão Superior são definidos pelo Reitor (a) e Vice-Reitor (a).